Para hablar de la historia de las Fuerzas Armadas de Honduras es necesario dar el contexto histórico en que se enmarca su nacimiento.

El Primer Congreso nacido en Cedros el 29 de agosto de 1824,se trasladó a Tegucigalpa con el objeto de realizar la alternabilidad anual de Tegucigalpa y Comayagua como capitales del Estado y la elección de autoridades supremas en las que salieron electos Don Dionisio de Herrera Díaz, abogado de 43 años originario de Choluteca (1781) y el Teniente Coronel José Justo Milla, nacido en Gracias el año de 1794.

El Abogado Herrera traslado el gobierno a Comayagua y su primer paso administrativo fue darle inicio a la formación del Estado Nacional el año de 1825 con las siguientes obras: El 28 de junio ejecuto la primera división política compuesta de los siguientes departamentos; Comayagua, Tegucigalpa, Choluteca, Olancho, Yoro, Gracias y Santa Bárbara.

El 03 de octubre se creó el escudo de armas y en vista de la inseguridad de la soberanía y los poderes del estado, a cuatro años de la caída del régimen colonial y dos de la desanexión de Centroamérica de México, le sugirió a la Cámara Legislativa "La Creación de un Brazo Armado" y aquel alto cuerpo sin debate alguno, introdujo en el artículo 44, inciso 4 de la Primera Constitución del Estado el nacimiento del Ejército que para su mayor movilidad fue dividido en batallones con el nombre de cada uno de los siete departamentos que se encargaran de cubrir estratégica y tácticamente el orden y la defensa del Estado, bajo la doctrina militar francesa.

El año 1831 fue creada la Primera Escuela Militar con asiento en el Cuartel de San Francisco, dirigida por el Coronel de origen colombiano, Narciso Benítez.
De esa escuela egreso el Sub Teniente José Santos Guardiola quien llego a la Presidencia de la República (1856-1862) con el grado de General de División.

El armamento hasta entonces era de chispa y la pólvora era producto de mezclar azufre, salitre y carbón en cantidades relativas, el fusil rémington de carga simple fue uno de los primeros fusiles de bala que introdujeron al país en el Gobierno de José María Medina.

Ya en la segunda fase histórica de las Fuerzas Armadas en 1842-1876 surge el uniforme colectivo a mediados de la década de 1840 cuando las tropas del general José Santos Guardiola se enfrentaron a las del General Nicolás Ángulo, el año de 1845 en el combate del Obrajuelo, San Miguel, El Salvador.

Otras de las acciones luminosas del Ejército fue la participación junto a las demás Fuerzas de la Federación en el sostenimiento de la Independencia y en ese ínterin fue hasta el año de 1865 en que vislumbro el primer intento de una Fuerza Naval.

El nacimiento de la segunda Escuela Militar con asiento en Cuartel San Francisco y la policía de línea y seguridad (1881) corresponden al Gobierno de Marco Aurelio Soto lo mismo que el telégrafo, las paradas dominicales consideradas como una forma de reclutamiento, la Ordenanza y demás Leyes Militares.

En el decurso de la tercera fase histórica de las Fuerzas Armadas (1876-1949) la doctrina militar prusiana o chilena sustituyo a la francesa, la segunda escuela militar fue reestructurada en el gobierno del General Don Luis Bográn (1883-1891) la fundación de las escuelas militares de 1904 por decreto No. 56 del 31 de agosto, la de 1907, la de 1917, el cuerpo de ametralladoras creado el año de 1937 y la escuela básica de armas en 1946.Durante el gobierno del Doctor Vicente Mejía Colindres en 1931 se ordenó la creación de una fuerza aérea para defensa de los cielos nacionales, mediante decreto No. 198 del Congreso Nacional de la República y abrió las puertas la Escuela Nacional de Aviación para adiestrar pilotos nacionales adquiriéndose para ello las aeronaves tipo Stinson Detroiter.Durante el Gobierno del Doctor Juan Manuel Gálvez Durón aparece desde un aspecto técnico la educación militar con la creación de la Escuela de Cabos y Sargentos en 1949, la Escuela General Francisco Morazán en 1952 y la fundación del Primer Batallón de Infantería, a partir de este momento histórico van surgiendo normalmente las demás unidades y así llega la creación de la Fuerza Naval mediante acuerdo N. 0725 del 14 de agosto de 1976 para el resguardo de nuestras aguas en el Mar Caribe, Océano Atlántico y en el Océano Pacífico apostado en las costas del Golfo de Fonseca hasta llegar a la reestructuración legal, organizativa y operacional en el marco de tiempo comprendido entre 1999 al 2007.

El Ejército de Honduras entró en su forma moderna cuando se introdujeron cambios en el sistema de milicias anterior, durante los años 1940 y 1950.

Con la asistencia de los Estados Unidos, el Primer Batallón de Infantería se creó en 1947 como una unidad de infantería tradicional, y el Segundo Batallón de Infantería en segundo lugar se formó durante la década de 1950 como una unidad de contrainsurgencia.

Estos dos batallones siguen siendo importantes mandos militares y tenían su sede cerca de la capital, Tegucigalpa, en la década de 1990.Durante los años 1960 y 1970, el número de unidades de combate del ejército fue ampliado espectacularmente y los cambios más importantes registrados en la organización de las fuerzas de tierra.

Algunos de estos cambios fueron políticamente motivados y no militar, como, por ejemplo, cuando el General López Arellano creó la Primera Brigada de Infantería en 1971 para servir como su guardia privada.

En 1970 el ejército había aumentado a tres batallones de infantería complementada con un batallón de ingenieros y un batallón de artillería, que había sido creada inmediatamente después del conflicto de 1969 con El Salvador.

A finales de la década de 1970, el número de batallones de infantería había aumentado a diez, y un Cuerpo de Señales (llegaría a ser el 1er. Batallón de Comunicaciones) había sido añadido. Por número de efectivos de 1983 había crecido a 13.500. El Ejército había tres brigadas, cada una compuesta de dos batallones de infantería y un batallón de artillería.

Además, había seis batallones de infantería independientes que varían en tamaño desde 400 a 1.000 hombres.

Dos de los batallones de infantería formaron la Guardia de Honor Presidencial, que se basaba en Tegucigalpa y bajo el mando personal del presidente.

También hubo un batallón de ingenieros, un regimiento de Caballería Blindada y una unidad de Fuerzas Especiales de tamaño batallón.